Portugal, både fastlandet og øyene, ligger i jordskjelvområder. I 1755 ble store områder av Portugal, inkludert Lisboa og Algarve-kysten, rammet av et større jordskjelv med en påfølgende flodbølge, som bl.a. raserte store deler av Lisboa by og førte til betydelige tap av menneskeliv. I 1950-årene inntraff et større jordskjelv på Azorene. Det registreres jevnlig skjelv av mindre omfang. Større skjelv og/eller flodbølger kan ikke utelukkes.
I februar 2010 ble Madeira rammet av flom. Hovedstaden Funchal ble totalskadd og flere menneskelig gikk tapt. Situasjonen er nå normalisert.
De siste somrene har det vært omfattende skogbranner i Portugal, hvor menneskeliv har gått tapt. Vær derfor forsiktig når du kjører igjennom skogsområder, kast ikke sigarettsneiper, og bruk ikke grill. I tillegg kan det være lurt å alltid ha vann tilgjengelig. De vanligste turistområdene har imidlertid i mindre grad blitt rammet av brannene. Men det er viktig å følge anvisninger og anbefalinger fra lokale myndigheter.